Resumo: Métodos que auxiliem na avaliação da eficiência de instituições dedicadas à geração de inovações são importantes para a sustentabilidade do desenvolvimento econômico e para a transparência na gestão dos dispêndios públicos, como no caso da pesquisa agropecuária, em grande parte financiada por recursos públicos no Brasil. O sistema estadual de pesquisa agropecuária do estado de São Paulo coordenado pela Agência Paulista de Tecnologia dos Agronegócios (APTA), formado pelos Institutos de Pesquisa: Agronômico (IAC), Biológico, Economia Agrícola (IEA), Pesca, Tecnologia de Alimentos (ITAL) e Zootecnia (IZ), além de quinze Pólos Regionais, vinculados à APTA Regional. Este estudo objetivou comparar os níveis de eficiência dessas Instituições, utilizando Análise de Encapsulamento de Dados (DEA), um método não-paramétrico de construção de fronteiras de eficiência. Os produtos foram indicadores de geração e transferência de conhecimento, serviços prestados e captação de recursos e os insumos foram os orçamentos anuais. Os resultados obtidos demonstraram associação entre os índices de eficiência e as diferentes missões dos institutos de pesquisa da APTA. Algumas unidades aparentam ser mais eficientes na prestação de serviços e outras na disponibilidade de produtos, tanto na geração quanto na transferência do conhecimento.